政府開放台灣地區民眾赴大陸探親以來，兩岸民間交流日益頻繁，為了增進兩岸人民彼此的瞭解有正面之意義，解決上述因兩岸民間交流而衍生之問題，並兼顧兩岸情勢，行政院乃協助民間各界籌組「財團法人海峽交流基金會」（以下簡稱海基會），協助處理政府處理相關大陸事務。海基會的業務重點以兩岸互動有關事務為主，包括：

1.交流
為促進兩岸交流、建立交流正常秩序、提升民間交流品質，本會推動辦理各項兩岸交流活動，對各界提供有關兩岸交流政策、法規及相關問題的諮詢服務，並協助解決糾紛。

2.服務
服務兩岸民眾一直是本會創會以來極為重要且不斷成長的業務，為維護民眾權益，均努力設法完成為民服務事項，協助民眾解決因交流而衍生的問題。海基會受政府委託辦理各項服務業務，包括：公（認）證書驗證與查證、兩岸掛號函件查詢、台商之聯繫與服務等其他一般服務事項等。

3.協商
兩岸基於特殊情勢的考量，分別設立了海基會與海協會。在雙方政府授權下進行相關的對話與協商，自八十二年在新加坡舉行辜汪會談簽署四項協議、建立兩會會談制度以來，兩岸兩會進行多次協商，達成加強交流及相互協助等多項共識。